南通重工装备建有质量管理、职业健康安全管理和环境管理三大体系（HSE），并分别通过了DNV GL ISO9001:2015、ISO45001:2018、ISO14001:2015认证。

南通重工装备知识产权管理体系通过国标认证。公司将《企业知识产权管理规范》要求融入到了研发、生产和经营管理等环节，对于公司保护企业知识产权、防控风险，提高研发能力、行业竞争力和品牌影响力具有积极的促进作用。

南通重工装备能执行中国国标GB、美国AWS、美国API、欧盟EN、加拿大CWB等标准，以及DNV GL、ABS、BV、NK、CCS等船级社标准，产品质量通过了API Spec Q1、EN1090、ISO3834等管理体系认证，可为全球范围内客户提供高品质的产品。

南通重工装备高度重视安全生产，持续推进班组自主安全管理，全面提升安全管理能力和水平。公司通过了安全生产标准化二级企业认证。